Fondato per decreto napoleonico il 14 marzo 1807, il Liceo iniziò la sua attività nel 1808, ma in realtà era operante già dal 1805 col nome di Regio Liceo, prima a San Sebastiano, nei locali che erano stati dei Gesuiti, e in seguito nell'ex-convento domenicano della Chiesa di S.Anastasia. Con il decreto napoleonico del 1807 il Liceo cambia la propria denominazione in "Liceo con Convitto", in modo tale da poter garantire ospitalità ad un discreto numero di studenti. All'epoca della fondazione il ciclo di studi liceali era suddiviso in quattro anni di Ginnasio e due anni di Liceo. Nei primi quattro anni gli studenti apprendevano il latino, l'italiano, il francese, la retorica, la storia e la geografia oltre che all'aritmetica, calligrafia e disegno; nel periodo del Liceo invece venivano insegnate la filosofia, la matematica (e in generale le materie scientifiche), le belle arti, il disegno o lo studio delle istituzioni civili.

Nel 1814, col passaggio della città in mani austriache, il piano di studi del Liceo viene modificato e portato a otto anni: oltre all'abolizione del francese, sostituito dal tedesco, viene rafforzato l'insegnamento della religione e le pratiche militari, imposte in epoca napoleonica, vengono abolite. Nel periodo asburgico il Liceo-convitto è visto come un luogo in cui istruire i sudditi dell'imperatore, sudditi che devono essere prima di ogni cosa fedeli e obbedienti alle leggi. Durante questo cambiamento di rotta viene allontanato dal corpo docente un noto professore di botanica, ritenuto ormai compromesso col precedente regime napoleonico: si tratta del professor Ciro Pollini. Nonostante la generale moderazione, portata dalla dominazione asburgica, resta elevata la convinzione che l'obbedienza e la fedeltà verso l'imperatore siano i doveri principali degli studenti. Tali doveri si evincono da tre eventi: il primo, nel 1822, quando il Liceo commissiona un quadro, in onore di Francesco I d'Austria, in cui l'imperatore viene raffigurato nell'atto di premiare gli studenti che si sono distinti negli studi, il secondo, nel 1838, quando l'imperatore successivo, Ferdinando I d'Austria, visita la scuola salutato da un'accoglienza calorosa, il terzo, nel 1857, quando l'imperatore Francesco Giuseppe I d'Asburgo esprime ufficialmente la sua soddisfazione per come è stato accolto.

«Laus deo, Viva l'Italia» - così il registro del protocollo del Liceo l'ottobre 1866, periodo in cui le truppe del Regno d'Italia entrano a Verona. I cambiamenti rispetto al precedente dominatore sono quasi esclusivamente formali, tanto che viene mantenuto lo stesso direttore, Giusto Grion, accusato però di essere un voltagabbana. Nel liceo scompaiono le effigi degli imperatori austriaci e compaiono quelle di Vittorio Emanuele II, inoltre viene cambiato il nome in "Regio Liceo Scipione Maffei". Uno dei cambiamenti sostanziali viene apportato alle pratiche religiose, tanto curate in epoca asburgica, che vengono improvvisamente ridotte fino alla scomparsa totale. L'abolizione delle pratiche religiose fa parte però di un processo più ampio di laicizzazione del Liceo: il corpo docenti, composto quasi totalmente da ecclesiastici in epoca asburgica, verrà negli anni rimpiazzato con docenti laici. Contemporaneamente vengono ripristinati gli esercizi e le pratiche militari, così come in epoca napoleonica, che culminano con la "Legione Accademica", una piccola guarnigione formata da studenti del Liceo. Sul piano culturale il Liceo non cambia molto rispetto al periodo asburgico e resta una scuola severa oltre che molto selettiva. Tuttavia il prestigio proprio della scuola viene intaccato dalla scarsità di mezzi a disposizione. Tale problema persiste: nel 1918 un'ispezione ministeriale accerta la necessità di un nuovo edificio. Una grande innovazione arriva nel 1883 quando si diploma la prima studentessa del liceo: Fiorina Salvoni. Sul finire del XIX secolo il numero di studentesse è esiguo rispetto agli studenti maschi, ma già dalla prima metà del 900 questo dato verrà pian piano ribaltato insieme ad altri usi degli studenti: è infatti datato 1903 il primo sciopero, mentre risale al 1906 "Satanasso" un giornale studentesco. Le celebrazioni per il primo centenario (1807-1907) vengono posticipate e l'evento verrà celebrate solo nel 1909: per tale ricorrenza l'allora direttore Tullio Ronconi pubblica "Studi Maffeiani", un lavoro personale sulle origini del Liceo.

Durante il periodo antecedente l'entrata in guerra sia i docenti che gli studenti del Liceo sembrano orientati sulla linea interventista. In tal senso va ricordata l'inclinazione patriottica che ha caratterizzato il Liceo a cavallo dei due secoli. Con l'arrivo della Guerra il Liceo vive un momento di crisi: i docenti vanno incontro a difficoltà economiche a causa dei tagli degli stipendi, gli studenti diminuiscono drasticamente a causa della chiamata alle armi. Circa ottanta non tornano del fronte e un professore, Enrico Sicher, muore il 14 novembre 1915 colpito da una scheggia durante dei bombardamenti austriaci. A causa del conflitto la terza liceo dell'anno scolastico 1917/1918 è ridotta a soli 7 studenti. Tale sacrificio è tutt'oggi ricordato nel chiostro del Liceo da una targa commemorativa che elenca i nomi di tutti gli studenti caduti in guerra e da un ricordo marmoreo alla memoria del professore Enrico Sicher.

Fra le prime riforme apportate dal regime fascista spicca quella di Giovanni Gentile che ci consegna un'organizzazione degli studi come la conosciamo oggi. Nei primi anni 20 la presenza femminile va aumentando, così come il numero generale di iscritti al Liceo che si attesta a circa 500 unità. Nonostante la crescita degli iscritti la scuola resta ancora selettiva e severa: gli studenti indisciplinati vengono sottoposti ad interrogatori in cui sono trattati come veri e propri imputati. Negli anni 30 la popolazione del Liceo raddoppia e si arriva a più di 1000 studenti, di cui 400 sono ragazze. Con gli anni 30 si attua completamente la riforma Gentile e arriva a pieno regime anche il processo di fascistizzazione. Le legge razziali si ripercuotono anche sulla vita del Liceo, e, oltre al generale divieto di utilizzare libri di autori di razza ebraica, vi è anche l'allontanamento forzato del professore di scienze Corrado Bonaventura a causa della sua fede.

Durante la seconda Guerra mondiale la vita scolastica del Liceo vede un periodo di crisi simile a quello della prima Guerra mondiale: la situazione è incontrollabile e, anche a causa della guerra, è impossibile ricondurre la scuola ad una vita normale. Terminata la guerra, il collegio docenti riprende l'attività scolastica escludendo dalle assemblee i docenti in attesa di giudizio per ragioni politiche. Lo stesso preside, Lamberto Chiarelli, viene sospeso per poi essere rinominato preside presso un istituto di Ferrara. Alla direzione della scuola viene posto il professor Aldo Pasoli che eserciterà il suo ruolo di preside fino alla morte, alla fine degli anni 50. Va ricordato che alla memoria professor Aldo Pasoli è stata costruita una scuola di Verona nel quartiere di Borgo Venezia. Fra la fine della guerra e gli anni 50 il liceo cerca di tornare alla normalità, ma a causa di diversi problemi (fra tutti lo stato dell'edificio) che verrà ristrutturato soltanto negli anni 60. Questa ristrutturazione cambierà definitivamente il volto del Liceo trasformandolo da scuola-convento al definitivo Liceo conosciuto oggi.

La Biblioteca del Liceo Maffei risale all'epoca napoleonica quando fu costituita con i volumi sequestrati con gli editti imperiali ai conventi. Tali opere sono ancora oggi conservate all'interno della biblioteca e ad esse si sono aggiunte nel passare del tempo altre 20.000 opere di ogni genere ed epoca. Sono presenti incunaboli, cinquecentine, seicentine, settecentine, il Fondo risalente alla fondazione, il Fondo risalente all'Unità d'Italia, il Fondo del 900 e le ultime acquisizioni.
Nella biblioteca è inoltre presente l'archivio storico contenente i documenti, fra cui i registri scolastici, del periodo compreso fra il 1807 e il 1950.
La biblioteca offre inoltre la possibilità di consultare i documenti e i registri più recenti, risalenti al periodo che compreso fra il 1950 ed oggi.